2016年以來,以AlphaGo為標(biāo)志的人工智能技術(shù)進(jìn)入了發(fā)展的快車道,成為了民眾熱議的話題。2017年12月27日,華大基因董事長汪建在深商大會上表示,未來的5-10年,我們可以化學(xué)合成任何生命,人工生命(合成生命)的進(jìn)展可能比人工智能還快。此言一出,立刻引起了巨大的反響。
汪建先生的話,源于2017年3月15日天津大學(xué)、清華大學(xué)和華大基因的科學(xué)家同時在科技界頂級雜志《科學(xué)》(Science)發(fā)表的四篇文章,這四篇文章分別描述了如何用化學(xué)的方法合成酵母基因組的4條染色體。這是構(gòu)建人工生命的一個非常重要的進(jìn)展。這項(xiàng)工作,入選了我國十大科技新聞和生命科學(xué)十大進(jìn)展。
DNA與染色體
1、基因組和染色體都是什么?
地球上的不同生命或者不同物種,都是由其細(xì)胞內(nèi)的遺傳物質(zhì),即脫氧核糖核酸分子(DNA)決定的。DNA分子很特別,是一種雙鏈的結(jié)構(gòu),含兩條由四種不同核苷酸單體串起來的單鏈,以反向的雙螺旋互相糾纏延伸。這四種核苷酸單體結(jié)構(gòu)很相似,分為三個部分,其中二個部分的結(jié)構(gòu)都是相同的,只有一個部分的結(jié)構(gòu)不同,這部分結(jié)構(gòu)叫“堿基”,根據(jù)堿基的不同,四種核苷酸單體分別叫 A、T、G、C。非常奇妙的是,A與T、G與C可以通過其堿基配對。DNA分子就是通過這些單體的配對而形成雙鏈。一條單鏈上某個位置如果是單體A,對應(yīng)的另外一條單鏈上必然是單體T。DNA雙鏈分子結(jié)構(gòu),是1953年由美國科學(xué)家詹姆斯·沃森(James Watson)與英國科學(xué)家弗蘭西斯·克里克(Francis Crick)發(fā)現(xiàn)的。他們后來得到了1962年諾貝爾生理或醫(yī)學(xué)獎。
四種A、T、G、C單體的不同排列組合,就構(gòu)成了每種生命的密碼本。DNA雙鏈分子上有不同的區(qū)域,有的代表基因,有的和基因調(diào)控相關(guān),但是也有一些區(qū)域(比如細(xì)菌的DNA)甚至很多區(qū)域(比如人的DNA),我們其實(shí)還不知道有什么作用。奇怪嗎?不奇怪。科學(xué)上還有太多太多未知。因?yàn)镈NA雙鏈分子上分布著基因,所以科學(xué)上通常又把一個物種的DNA統(tǒng)稱為“基因組”。不同物種的基因組大小不同,通常以“百萬堿基對”為單位。嚴(yán)格意義上,其實(shí)這是“百萬核苷酸單體對”。但是生物學(xué)很特別,跟其他理工科不同,存在很多說法上的約定俗成,行外人可能哭笑不得,行內(nèi)人倒習(xí)以為常。這里按下不表。
2、我們什么時候破譯了各種生命的基因組序列或者密碼本?
1970年代之前,我們其實(shí)不知道任何基因組的具體ATGC序列。其后,美國科學(xué)家沃特·吉爾伯特(Walter Gilbert) 和英國科學(xué)家弗雷德里克·桑格(Frederick Sanger)發(fā)明了DNA測序方法,并因此獲得了1980年諾貝爾化學(xué)獎。特別值得一提的是,祖籍福州的美籍華人、美國康內(nèi)爾大學(xué)吳瑞教授,對此方法做出了重要貢獻(xiàn)。但是當(dāng)時這項(xiàng)方法的效率和速度都比較低,只能用來測DNA片段、某個基因或者一些特別小的基因組。1977年,第一個完整的基因組,一種叫phi X 174的細(xì)菌病毒測序完成,只有5,386個堿基。為何這里的單位是“堿基”而不是前文的“堿基對”呢?因?yàn)檫@個病毒和很多病毒一樣,比較特殊,其基因組是單鏈的DNA。嚴(yán)格意義上,病毒也不是完整的生命,只能算是生命的“寄生蟲”。
進(jìn)入1980年代,測序方法的不斷改進(jìn)和自動化,使得基因組測序工作得于迅速推進(jìn)。1995美國科學(xué)家克雷格·文特爾(Craig Venter)領(lǐng)導(dǎo)的小組發(fā)布了第一個完整的能夠獨(dú)立生存的生命、流感嗜血桿菌的基因組序列,共 1,830,137 堿基對(或1.8百萬堿基對),估計有1500個基因。流感嗜血桿菌是一種細(xì)菌,屬于原核生物。1996年,科學(xué)家公布了第一個真核生物、酵母的基因組序列,大約有6千多個基因。上文提到的大腸桿菌,其基因組測序是1997年完成的,大約有4千多個基因。那大家肯定會想到,人類的基因組呢?人類基因組測序計劃是在1990年啟動的,2000年第一份草圖完成,2004年正式完成,經(jīng)歷了15年,一共發(fā)現(xiàn)大約有2萬多個的基因。如果我們把人類基因組的序列印刷成書的話,大約要262,000頁,或者175本厚書。其它與人比較相近的哺乳動物基因組測序也先后相續(xù)完成。有意思的是,人們發(fā)現(xiàn)大猩猩的基因組與人基因組96%相似。
3、有基因組測序,就必有基因組合成,必有人工生命
人類很早就知道通過化學(xué)的方法合成短片段的DNA。通過這些短片段DNA的組裝,科學(xué)家們開始探索化學(xué)合成基因組。很自然地,第一個合成的就是病毒基因組。2003年,同樣是美國科學(xué)家文特爾小組,利用化學(xué)方法合成了上文提到的phi X 174的細(xì)菌病毒基因組。2005年,科學(xué)家們重新設(shè)計合成了另外一個叫T7的細(xì)菌病毒基因組。2008年,文特爾小組化學(xué)合成了一種叫生殖道支原體(Mycoplasma genitalium)的細(xì)菌基因組,長度約0.58百萬堿基對,但是此時他們還沒能把這個合成基因組移植到受體細(xì)胞中并證明其有生命的功能。2010年,這個小組人工合成了相近的絲狀支原體(Mycoplasma mycoides)基因組,共1.08 百萬堿基對,并移植到受體細(xì)胞中。一段時間后,該移植細(xì)胞完全由合成基因組控制。就這樣,他們創(chuàng)造了人類歷史上第一個真正意義的人工生命。當(dāng)然,羅馬不是一天建成的。文特爾小組是用了10多年的時間,才走到這一步的。根據(jù)時間推算,這項(xiàng)工作大約起始于本世紀(jì)初,即人類基因組測序的草圖完成之時。
第一個人工生命 “辛西婭”
文特爾小組將這個人工生命命名為”辛西婭”(synthia)。這個人工合基因組,絕對大部分序列與該絲狀支原體天然的基因組是一致的。但是該小組也加入了一些原先不存在的DNA序列(他們稱之為“水印”)。其中蘊(yùn)含了一些名言,比如“去生活、去犯錯、去跌倒,去勝利、去從生命中重造生命”、“我無法建造的東西,我也不能理解”。后者出自加州理工學(xué)院的物理學(xué)家理查德·費(fèi)曼(Richard Feynman)。
此后,人們又相繼合成了其它細(xì)菌的人工生命。很自然,科學(xué)家們的下一個目標(biāo)會是真核生物,顯然,酵母是最好的選擇。這項(xiàng)工作始于2005年,并逐步形成了一個中國科學(xué)家參與在內(nèi)的國際“合成酵母計劃”??茖W(xué)家們首先選擇了第3號染色體,這項(xiàng)工作主要由美國科學(xué)家杰夫·伯德(Jeff Bode)小組完成。天然的3號染色體原有316,667堿基對,他們對此進(jìn)行了小心但是大量的工程設(shè)計或者說“重新編寫”,最終人工的3號染色體含有272,871堿基對,比天然的少了13.8%。該染色體被導(dǎo)入酵母細(xì)胞,取代了原來的3號染色體,得到了第一個人工的酵母細(xì)胞。這項(xiàng)工作發(fā)表在2014年的《科學(xué)》雜志上。
4、人工生命與合成人
現(xiàn)在回到我們的題目:“人工生命離我們多遠(yuǎn)?”,答案其實(shí)是人工生命早就在我們的身邊。這些合成生命,比如合成酵母,有重要的科學(xué)和經(jīng)濟(jì)價值。比如,合成酵母有助于人類更深刻地理解一些基礎(chǔ)的生物學(xué)的問題;另一方面合成酵母有很多巧妙的工程設(shè)計,可以實(shí)現(xiàn)定向的人工進(jìn)化,在醫(yī)藥、能源、環(huán)境、農(nóng)業(yè)、工業(yè)等領(lǐng)域有非常重要的應(yīng)用潛力。
現(xiàn)在問題是,下一步會不會是合成人的基因組、合成人?這個工作其實(shí)已經(jīng)開始。2016年,國際上相關(guān)科學(xué)家已經(jīng)開會討論啟動這個項(xiàng)目,有些觀點(diǎn)已經(jīng)發(fā)表在當(dāng)年的《科學(xué)》雜志上。目前,一些基礎(chǔ)性技術(shù)性工作已經(jīng)在不同的國家不同的實(shí)驗(yàn)室開展。當(dāng)然,從合成酵母的基因組到合成人的基因組,存在巨大的技術(shù)屏障。首先是規(guī)模上的難度,人的基因組是酵母的270多倍;其次是技術(shù)上的難度,比如染色體移植在酵母中比較容易實(shí)現(xiàn),但是對于人體細(xì)胞,就非常困難。這些技術(shù)屏障,是否能夠在5-10年得到解決,我們拭目以待。
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原文標(biāo)題:人工合成生命的最新進(jìn)展比AI還快
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