Nanodcal是一款基于非平衡態格林函數-密度泛函理論（NEGF - DFT）的第一性原理計算軟件，主要用于模擬器件材料中的非線性、非平衡的量子輸運過程，是目前國內擁有自主知識產權的基于第一性原理的輸運軟件。可預測材料的電流 - 電壓特性、電子透射幾率等眾多輸運性質。

迄今為止，Nanodcal 已成功應用于1維、2維、3維材料物性、分子電子器件、自旋電子器件、光電流器件、半導體電子器件設計等重要研究課題中，并將逐步推廣到更廣闊的電子輸運性質研究的領域。

本期將給大家介紹Nanodcal分子電子學3.2.1.2-3.1.3的內容。

3.2.1.2 搭建C9H5NS2分子結構

（1）從數據庫中導入leucoline晶體，File—Import，找到leucoline.hzw導入（如果DeviceStudio版本較低，可以在附件中找到leucoline.hzw并導入）；

圖 3-25:

（2）點擊Hydrogen passivation，給分子加氫；

圖 3-26:

（3）點擊3D Viewer下的yx View按鈕；

圖 3-27:

（4）選中下圖中的H原子；

（5）雙擊Properties欄下ElementSymbol的H，在元素周期表中選擇S替換；

圖 3-29:

（6）選中下圖中的C原子，可以在Properties欄中看到該原子的位置信息，再點擊Move Atom，選中所有原子進行平移，使得紅框中的原子的坐標變為[0，0，0]；

圖 3-30:

（7）點擊Angle測量出下圖所示的角度；

圖 3-31:

（8)點擊Rotate Atom，進行如下旋轉操作，將兩個S原子處于同一個XY平面內；

圖 3-32:

3.1.3 搭建Al-C9H5NS2-Al Bulk體系

（1）選中整個分子，右擊Copy，點擊之前建好的Al電極的hzw文件，在空白處右擊Paste；

圖 3-33:

（2）點擊3D Viewer下的yx View，再點擊Move Atom，適當的向上移動分子的位置使得分子和Al電極沒有交疊；

圖 3-34:

（3）點擊Distance測量S原子到特定Al原子的距離；

圖 3-35:

（4）點擊Move Atom，選中分子并移動，使得S原子到特定Al原子的距離相等，并且S原子與特定Al原子在用一條直線上；

圖 3-36:

（5）點擊Convert to Crystal，按下圖中的Primitive Vectors進行輸入；

圖 3-37:

（6）點擊Center，將原子移至中心，如下圖所示；

（7）將該Bulk體系的信息導出為VASP的輸入文件Simulator—VASP—VASPInput，固定Al電極只馳豫分子的結構，對于VASP的操作，這里不展開介紹；

圖 3-39: